EM wird in der Landwirtschaft vorwiegend als Bodenhilfsstoff, Silierhilfsstoff, Güllezusatz und zur Milieusteuerung verwendet. EM kommt aber auch in der Tierfütterung und im Stall zum Einsatz.

Ziel ist es, zu einer Bewirtschaftungsweise zu gelangen, bei der auf den Einsatz von Kunstdüngern und Pestiziden mehr und mehr verzichtet werden kann. Durch diese Wirtschaftsweise wird die biologische Wertigkeit der produzierten Lebensmittel erhöht.